Nato a Mysore nel 1938, Desikachar è il quinto figlio di Krishnamacharya e di sua moglie Namagiriamma.
Benché fosse esposto fin da bambino allo yoga e alla tradizione religiosa paterna, egli ha inizialmente ricevuto un’educazione di stampo occidentale, laureandosi in ingegneria.
Nel 1961 iniziò a studiare sistematicamente lo yoga con suo padre, ricevendo i suoi insegnamenti per oltre trent’anni.
Nel 1976 ha fondato il Krishnamacharya Yoga Mandiram a Madras, con lo scopo di diffondere e preservare la pratica dello yoga di Krishnamacharya.
Nel 1983, ha suggerito la creazione e il nome Viniyoga (inteso come “applicazione”).
Nel corso degli ultimi decenni Desikachar è divenuto una delle voci più autorevoli dello yoga contemporaneo, ed ha formato numerosi insegnanti che portano avanti il suo lavoro.